Duitse oorlogsschepen
De verdedigingswerken waren echter niet meer opgewassen tegen het oorlogsgeweld in de twintigste eeuw. Al in de zomer van 1940 palmde de Duitse Kriegsmarine de voormalige marinehaven en -werf in. De Duitse zeemacht bracht er kleine oorlogsschepen onder om zeemijnen te ruimen en te patrouilleren op de binnenwateren.
Toen twee jaar later de bouw startte van de Atlantikwall, speelde Hellevoetsluis opnieuw een belangrijke rol. De toegang tot de haven werd zwaar versterkt om een geallieerde landing te verhinderen langs het Haringvliet.